بعد إتمام تعليمه ما قبل الجامعي، تخرّج الدكتور إبراهيم خليل كاراقان بنجاح من كلية الطب بجامعة إسطنبول – جراح باشا، وحصل على لقب طبيب بشري. أكمل تخصصه في مستشفى التدريب والبحوث غوزتبه (S.B. Göztepe) وأصبح أخصائيًا في الجراحة العامة.